Happiness! koncentruje się na Yuumie Kohinacie, uczniu szkoły średniej z sekcji regularnej Akademii Mizuhosaka, wraz z jego bliskimi przyjaciółmi Junem Watarase i Hachisuke Takamizo. Druga sekcja, odpowiednio nazwana sekcją magiczną, została utworzona w celu szkolenia magów w sztuce używania magii. Akcja rozpoczyna się na kilka dni przed Dniem Zakochanych, co powoduje pośpiech wśród wszystkich dziewcząt, które chcą zdobyć czekoladę, którą chcą podarować chłopakom, w które są zakochane, zgodnie z japońskim zwyczajem. Haruhi Kamisaka, uczennica magii, wychodzi ze swoją przyjaciółką Anri Hiiragi, również uczennicą magii, aby dokonać dokładnie tego samego. Podczas spaceru po parku, po zakupie czekolady, którą zamierzała podarować chłopakowi, którego poznała w dzieciństwie, Haruhi spotyka Yuumę, który powstrzymuje młodszych chłopców przed dręceniem młodej dziewczynki. Haruhi myśli, że może to być chłopak, którego szukała przez cały ten czas. Następnego dnia jest Dzień Zakochanych, a w szkole wszystkie dziewczęta wręczają swoje prezenty wybranym chłopakom. Później tego samego dnia Anri wyzywa Haruhi na walkę magiczną, aby siłą odebrać jej czekoladę, ponieważ Haruhi nie chciała jej powiedzieć, komu zamierza ją podarować. Niebawem Anri traci kontrolę nad swoją magią, która ucieka na zewnątrz, niemal spadając na Yuumę i jego przyjaciół. Ostatecznie Haruhi podarowuje mu czekoladę, którą kupiła, a Anri robi to samo, co było jej planem – podarować swoją czekoladę temu samemu chłopakowi co Haruhi i zobaczyć, kto bardziej zyska jego względy. Następnego dnia dochodzi do wybuchu gazu w sekcji magicznej szkoły, a wszyscy uczniowie magii muszą tymczasowo przenieść się do sekcji normalnej. Zbieg okoliczności sprawia, że Haruhi i Anri trafiają do klasy Yuumy. Teraz Haruhi i jej przyjaciele muszą dostosować się do przeniesienia do sekcji normalnej Akademii Mizuhosaka.