Hana no Miyako to spin-off serii Tsukihime i Melty Blood, skupiający się na kuzynce Shiki Toono, Miyako Arima. Shiki Nanaya ma obecnie spore problemy. Jako najsłabsza członkini klubu aikido, otrzymała zadanie pozyskania jednego dodatkowego członka. Niestety, jej potencjalna rekrutka, Miyako Arima, nie ma ochoty dołączyć. Przypadkowe spotkanie wprowadziło ją w pole widzenia różnych ekscentryków w szkole, dodając nieco przygody do jej życia. Co ma robić?