Główna teza fabularna opowiada o wydarzeniach, które Midori i Adamas obserwują i przeżywają w The World R:2, bardzo popularnej grze MMORPG będącej kontynuacją oryginalnej gry The World. Midori spotyka różnych postaci z .hack//Roots (zwłaszcza Haseo) oraz .hack//G.U. (takich jak Silabus i Gaspard). Główna fabuła koncentruje się na tym, jak Midori sprzedaje się potencjalnym PKerom, wraz z pewnymi wydarzeniami w świecie rzeczywistym dotyczącymi dziewczyny w śpiączce, która nosi imię Midori.