W 2115 roku naród niegdyś znany jako Japonia jest podzielony na dwa równoległe światy: Frontier S (Stratos) i 17. Dystrykt Zarządzania Cesarstwa Dalekiego Wschodu. Frontier S to kraina bezprawia, gdzie panuje wolność, podczas gdy 17. Dystrykt Zarządzania Cesarstwa Dalekiego Wschodu to totalitarne społeczeństwo całkowicie pozbawione wolności i poddane nieustannemu nadzorowi. Gdy oba światy zaczynają się łączyć, rządy każdej ze stron uruchamiają Operację Stratos, globalny protokół wysyłający wybraną grupę strzelców, najemników i specjalnych jednostek z obu stron do 2015 roku. Ich misją jest zmianę przeszłości poprzez eliminację przeciwnej frakcji, aż do momentu, gdy pozostanie tylko jedna grupa, co w efekcie wymaże równoległy wszechświat.