Akcja rozgrywa się w roku między wydarzeniami pierwszych dwóch gier, a fabuła koncentruje się na dwóch postaciach występujących wyłącznie w mangach, Tyrze i Mizuhie, oraz zagadce odciętych części Gearów spadających z nieba. Antagonistami są członkowie Biura Administracji Po Wojnie (P.W.A.B.), tajnej organizacji odpowiedzialnej za liczne wydarzenia w grach. Postacie z gier, w tym Sol, Ky, Axl, Potemkin i Kliff, również pojawiają się, choć w stosunkowo drugoplanowych rolach.