W odległej, legendarnie dawnej przeszłości, pokojowe królestwo Mu znajduje się pod oblężeniem wojowniczej Cesarstwa Dragonii. Posiadając znikome zapasy sił ognia i jedynie gigantyczną statuetkę bóstwa, która nad nimi czuwa, młoda królowa Aira i jej ludzie nie są w stanie zmierzyć się z Dorado, Złotym Królem, i jego armią dinozaurów. Ale Aira sięga po pomoc kogoś, kto może ich uratować – wojownika z innego czasu i miejsca. Okazuje się, że jest to Yamato Hino, przeciętny, choć bardzo sportowy uczeń liceum w współczesnym Tokio. Początkowo Yamato myśli, że traci zmysły, gdy otrzymuje wiadomości od duchowej młodej kobiety, ale ona ostatecznie przekonywa go, by skoczył w przepaść... przez mistyczny portal do starożytnego Mu. Zanim młody mieszkaniec Tokio zdąży się oswoić, Dragonia atakuje ponownie, ale tym razem dinozaury i żołnierze są odparte przez gigantycznego Boga Mazingera, który teraz połączył się z Yamato. Choć Mu odniosło swoje pierwsze zwycięstwo, droga przed nimi jest jeszcze długa, podobnie jak przed Yamato, który musi pokonać swoje głębokie wady charakteru i stać się prawdziwym wojownikiem, aby uratować królestwo i wrócić do domu.