Tetsurou Hoshino to młody ulicznik, który desperacko pragnie zastąpić swoje ludzkie ciało ciałem androida, co zapewniłoby mu nieśmiertelność oraz swobodę społeczną, jaką posiadają androidy. Zazwyczaj procedura ta jest niezwykle kosztowna, ale od dawna krąży plotka, że jeśli ktoś wsiedzie na Galaktyczny Ekspres jadący w kierunku Galaktyki Andromedy, dotrze do planety na końcu trasy, gdzie takie ciała są rozdawane za darmo. Po świadczym morderstwa swojej matki dokonanego przez Androida Księcia, nie ma już powodów, by pozostawać na swojej macierzystej planecie, i nic go nie powstrzymuje. Szukając nie tylko wymarzonego ciała androida, ale także sposobu na zemstę za utratę bliskiej osoby, zaczyna poszukiwać możliwości samodzielnego wsiadnięcia do pociągu. Wtedy spotyka Maetel, tajemniczą kobietę, która oferuje mu bilet na pociąg, pod warunkiem, że będzie jej towarzyszem w podróży. Ich podróż zabierze ich z planety na planetę, każda z nich dziwna i nowa, a każdy przystanek w drodze będzie okazją do refleksji Tetsurou nad byciem człowiekiem, ludzkimi czynami oraz perspektywą nieśmiertelności. Podczas swoich podróży Tetsurou i Maetel spotykają między innymi Emeraldas i Harlocka.