Gift to opowieść skupiona na Haruhiku Amami, uczniu liceum, oraz jego głębokiej więzi z tajemniczą siłą otaczającą miasteczko Narasakicho. Scenerię definiują dwie unikalne cechy: tęcza, która trwale wiszy na niebie niezależnie od warunków pogodowych, oraz zdolność zwana Gift, którą posiada każdy mieszkaniec. Tę moc można użyć tylko raz w życiu i przyznaje ona jedno pojedyncze cuda. Aby Gift się powiódł, musi odzwierciedlać wzajemne uczucia zarówno darczyńcy, jak i odbiorcy. Jeśli te uczucia nie są wzajemne, Gift ulega zniekształceniu i może spowodować zniszczenia w okolicy. W takich przypadkach na tęczy nad miasteczkiem pojawia się czarna smuga, która pozostaje, dopóki Gift nie zostanie użyty poprawnie. Akcja rozpoczyna się, gdy młodsza siostra Haruhiko, Riko Fukimine, wraca do domu po kilku latach nieobecności. Od momentu jej przybycia życie Haruhika zaczyna szybko się zmieniać, a emocje z przeszłości zaczynają się wyłaniać na powierzchnię.