W ślad za katastrofą, która zakończyła Shin Getter Robo, Hayato Jin przejął kierownictwo nad Instytutem Badawczym Saotome, podczas gdy Ryoma wycofał się na wieś. Choć technologia robotów rozwinęła się do tego stopnia, że większość dużych państw posiada takie maszyny, badania nad promieniami Getter są teraz zabronione i ukrywane przed resztą świata. Aby pokonać szaleńca Randou, którego baza znajduje się na Arktyce, zgromadzono nową drużynę pilotów Getter Robo, operującą nową wersją Getter Robo napędzaną prostą energią plazmową. W wyniku sojuszu z wojskami różnych narodów rozpoczyna się wojna z armią Randou. Ta seria oznacza debiut Shin Getter Robo.