Druga część trylogii Virtual, łącząca anime z materiałem live-action. Virtual Station to laboratorium zajmujące się zbieraniem i badaniem DNA. Łącząc starożytne elementy DNA, placówka wirtualnie zrekonstruowała starożytny świat. Yui pełni funkcję jednej z Gene Divers, wchodząc do tego wirtualnego starożytnego świata, aby zbierać DNA zwierząt wymarłych w rzeczywistości. Jednak dochodzi do incydentu. Yui próbuje opuścić wirtualny świat podczas cyklu konserwacyjnego, ale zamiast powrócić do rzeczywistości, zostaje przeniesiona do nowego wirtualnego teraźniejszości. W tym nowym świecie, generowanym przez teraz niekontrolowany system, istnieje inteligentny gatunek ewoluujący z gryzoni, znany jako puglaistig. Postrzegają istnienie ludzkości jako poważne zagrożenie i próbują zatrzymać ewolucję człowieka wszelkimi dostępnymi środkami.