W 2066 roku Republika Hontworl, jeden z założycieli Organizacji Narodów Zjednoczonych, wycofuje się z tej organizacji, nie podając przyczyn. Ten akt wywołuje oburzenie w ONZ i stawia globalne bezpieczeństwo na ostrzu noża. Niedługo po tym wydarzeniu Myori, stolica Republiki Triad, zostaje zaatakowana przez latającą twierdzę przypominającą ptaka, zwaną Królem Żółwia. Międzynarodowa Organizacja Naukowa, pod kierownictwem dr Kouzaburou Nanbu, zostaje powołana do zajęcia się tym tajemniczym zagrożeniem. Tymczasem znikają czołowi naukowcy ISO. Pięciu członków Naukowej Drużyny Ninja, wojowników Gatchaman, zostaje wezwanych do prowadzenia śledztwa. Minęły lata od czasu, gdy drużyna walczyła z Berg Katze i notoryczną organizacją Galactor. Czy Ken, znany również jako Orzeł, nadal będzie w stanie prowadzić swoją drużynę do zwycięstwa nad tym ostatecznym złem?