Kilka lat temu pewien uczeń wypędził wszystkie duchy z nawiedzonej szkoły. Teraz wróciły — i szukają zemsty... Satsuki i Keiichirou Miyanoshita to rodzeństwo, które powoli dochodzi do siebie po tragicznej śmierci matki. Po przeprowadzce do rodzinnego miasteczka matki odkrywają, że lokalna szkoła, do której się zapisali, to stary budynek — o którym krąży plotka, że jest nawiedzony. Choć początkowo traktują to jako głupi ploteczkę, szybko przekonują się, że duchy naprawdę istnieją i że duchy polują na nich! Gakkou no Kaidan to mroczna opowieść o życiu rodzeństwa i ich nowych przyjaciół, którzy próbują przetrwać napady szkolnych duchów — z niewielką pomocą swojego kota.