Futakoi Alternative opowiada o Rentarō Futabie i jego agencji detektywistycznej. Pewnego dnia u jego drzwi pojawia się para bliźniaczych sióstr, Sara i Sōju. Wchodzą do niego i pełnią funkcję sekretarek w jego agencji. Bardzo trudno jest zaklasyfikować Futakoi Alternative do konkretnego gatunku, choć w swej istocie najbardziej przypomina komedię romantyczną. Pierwsze kilka odcinków jest lekkich, ale seria staje się coraz bardziej poważna, gdy zbliża się do zakończenia. Krytyka serialu zazwyczaj jest taka sama jak jego pochwały: mianowicie, że nigdy nie ustala się w żadnym jednym gatunku lub stylu, przełączając się między nimi z odcinka na odcinek (będąc niemal w równych częściach romantyką, akcją, fantastyką naukową/fantazją i komedią).