Fabuła koncentruje się na dwóch tytułowych dziewczynach, Escha i Chron, których przeciwstawne osobowości są porównywane do słońca i księżyca. Obie pochodzą z Terminalu, przyszłego, postapokaliptycznego świata, który jest pusty i pozbawiony kolorów. Przechodzą między światami i trafiają do teraźniejszości, którą nazywają Transit. Podczas gdy Escha i Chron doświadczają światła (krajobrazu) i dźwięku (muzyki) prawdziwego świata, przyszły świat Terminalu stopniowo przekształca się w miejsce bardziej żywe.