Ten sezon stanowi bezpośrednie续续 Zero Duel Masters, zachowując tę samą alternatywną ustawienie, fabułę i postacie. Jedyną różnicą między tymi dwoma sezonami jest przejście z animacji 2D na 3DCGI. Akcja rozpoczyna się po pojedynku między Shobu a Hakuoh, ujawniając następnie, że Hakuoh i Jura współpracowali z głównym antagonistą serialu, profesorem Marchem, który dąży do kontrolowania wszystkich istot poprzez zdobycie wszystkich Duel Orbów.