Tajemnicza organizacja jest przyciągana mocą młodego duelisty Shobu Kirifudy do ożywiania stworzeń z Duel Masters. Wspierany przez przyjaciół, Shobu walczy z pasją, dyscypliną i sercem, dążąc do naśladowania swojego ojca i stania się kolejnym mistrzem Kaijudo. Fabuła koncentruje się na grze karcianej Duel Masters, która opiera się na pięciu cywilizacjach (Ogień, Woda, Światło, Ciemność, Natura).