Dzięki dalekozasięgowemu teleportowi znanemu jako „Projekt Exodus”, Worns, Ryer i reszta załogi „Watchers Nest” udaje się uciec z Ziemi. Misaki, która w tym czasie toczyła ostatnią bitwę z „Ghoul”, nie jest obecna; zamiast tego jest świadkiem transformacji Ziemi i jej zamknięcia w bariery czasowej. Ryer i inni szukają drogi wyjścia z tej przestrzenno-czasowej labiryntu, ale Ziemia przybiera różne formy. Z powodu rozchodzących się osi czasu pojawiają się niezliczone „Teraz”. Co więcej, Misaki, która powinna zniknąć w wyniku incydentu z Projektem Exodus, pozostaje. Przed Ryerem i innymi pojawiają się różne wersje Misaki: Misaki z czasów szkoły treningowej i Misaki z dzieciństwa. Czy są to odbicia spowodowane konfliktami wewnątrz Misaki? Obudza się po raz drugi i zdaje sobie sprawę, że historia teraz zmierza w zupełnie innym kierunku. Czy Misaki, Ryer i inni będą mogli znaleźć prawdziwe szczęśliwe zakończenie?!