Fabuła wyjaśnia, że minął milion lat od ostatniego pokonania Dragozaurów przez Dino Knights. Dragozaury powróciły, obudzone przez chłopca o imieniu Kaito. Bitwa między Dino Knights a Dragozaury rozpoczyna się na nowo, gdy Dino Knights zapobiegają kradzieży siły życiowej Ziemi przez Dragozaury.