Obecna sieć znana jako „Cyfrowy Świat” stworzyła wirtualną rzeczywistość. Wewnątrz niej pojawiły się „Cyfrowe Potwory”, forma cyfrowego życia, podczas gdy komputer główny Yggdrasil zarządzał różnymi regionami Cyfrowego Świata. Jednakże Yggdrasil, napędzany strachem, opracował Program X, mający na celu wyeliminowanie wszystkich Digimonów ze starego świata i zbudowanie nowego Cyfrowego Świata wyłącznie dla wybranych Digimonów... Teraz Cyfrowy Świat zmaga się ze swoim największym kryzysem w historii. X-Digimon, nowa rasa Cyfrowych Potworów, jest ścigany przez Królewskich Rycerzy, którzy strzegą Cyfrowych Światów. Ich mistrz, nadzorca sieci Yggdrasil, zamierza uruchomić Projekt Ark, aby odnowić Cyfrowe Światy i wygenerować nowych Digimonów, ale dzieje się to kosztem całego innego cyfrowego życia. Ten nowy X-Digimon będzie szukał odpowiedzi dotyczących własnego istnienia, jednocześnie próbując chronić życie wszystkich Digimonów, co w rezultacie na zawsze zmieni Cyfrowe Światy.