Digimon Chronicle stanowiło tło narracyjne dla linii produktów Digimon z 2004 roku. Początkowo krążyły plotki, że jest to nowy, pełnoprawny manga, który miał zastąpić V-Tamer 01, ostatecznie jednak okazało się, że jest to głównie tekst prozatorski, drukowany w ulotkach dołączonych do cyfrowych zwierzątek „Pendulum X”. Ulotki te zawierały również krótkie, niezwiązane z główną fabułą sześciostronicowe fragmenty mangi. Historia jest podzielona na cztery „rozdziały”: jeden sprzedawany był z Pendulum X 1.0, kolejny z Pendulum X 1.5, trzeci z Pendulum X 2.0, a ostatni rozdział z Pendulum X 3.0. Fabuła opisuje Świat Cyfrowy rządzony przez komputer-naukowca o nazwie Yggdrasil. Z powodu masowej reprodukcji Digimonów w przeszłości Yggdrasil, komputer gospodarz, nie był w stanie zarządzać obciążeniem, co doprowadziło do Cyfrowego Zagrożenia (Digital Hazard). Yggdrasil utworzył następnie „Nowy Świat Cyfrowy”, składający się z trzech warstw reprezentujących przeszłość, teraźniejszość i przyszłość – odpowiednio Urd, Versandi i Skuld – a następnie zainicjował Projekt Ark i Program X, aby wyeliminować wszelkie Digimony, których Yggdrasil już nie chciał. Jednak Digimony dostosowały się, nabywając program znany jako X-Anty ciało (X-Antibody), który je wzmocnił, zmienił ich formy i uczynił odpornymi na Program X. Yggdrasil wdrożył Królewskich Rycerzy, trzynaście Digimonów oddanych utrzymaniu porządku w Świecie Cyfrowym. W tym momencie trzech ludzi – Kouta, Yuuji i Shinji – jakimś sposobem trafiło do Świata Cyfrowego i spotkało swoich partnerów Digimonów: Dorumon dla Kouty i Ryuudamon dla Yuuji. Kouta i Yuuji sprzeciwiali się Yggdrasilowi i Królewskim Rycerzom, podczas gdy Shinji rzekomo stanął po stronie Yggdrasila.