Tomorou Tenma posiada wyjątkowo silny e-Pulse – energię generowaną przez ludzkie myśli i emocje, która napędza jajowate urządzenia AI znane jako Sapotama. Choć codzienne życie w tym świecie zależy od pomocy Sapotam, intensywność e-Pulse Tomorou często powoduje w nich błędy. Pewnej nocy z jego urządzenia wyłania się dziwne stworzenie nazywające się Gekkoumon, które upiera się, by spożywać e-Pulse Tomorou. Gekkoumon to Digimon, stworzenie żywiące się e-Pulse, które powstało w wyniku błędu w systemie Sapotama. Niektóre Digimony całkowicie wyczerpują energię ludzi, pozostawiając ich w stanie śpiączki zwanym Cold Heart. Gdy starszy brat Tomorou, Asuka, staje się ofiarą tego zjawiska, Tomorou przysięga zemstę. Tomorou spotyka grupę użytkowników Digimonów o nazwie Glowing Dawn, która poluje na uciekłe Digimony za nagrody. Ich przywódca, Kyou Sawashiro, wyjaśnia, że wciąż może istnieć nadzieja na powrót Asuki do zdrowia. Mimo że Tomorou ma trudności z zaufaniem tym nieznajomym, decyduje się dołączyć do nich, uświadamiając sobie, że uratowanie brata może być niemożliwe w pojedynkę.