Zakażeni Digimon – cyfrowe potwory, które zaczęły zachowywać się w szałowym trybie i doświadczać dziwnego wzrostu siły – inwazją na świat rzeczywisty. Podczas gdy Maki Himekawa i Daigo Nishijima, agenci tajemniczej Agencji Administracji Korporacyjnej, próbują dowiedzieć się więcej o tych zakłócających wystąpieniach, większość Wybranych Dzieci jest zajęta przygotowaniem do letniego festiwalu Szkoły Średniej Tsukishima. Mimi Tachikawa, która niedawno wróciła do Japonii po latach życia w Stanach Zjednoczonych, z trudem znajduje swoje miejsce wśród kolegów z klasy i innych Wybranych Dzieci. Tymczasem Jou Kido, angażując się w naukę, celowo unika wszelkich kwestii związanych z Digimonami, co powoduje, że jego partner Gomamon ucieka. Indywidualne działania Mimi i Jou powodują napięcia w grupie, podczas gdy zagrożenie ze strony zakażonych Digimonów nadal nad nimi wisí. Czy dwójka ta rozwiąże swoje osobiste konflikty na czas, aby pomóc swoim przyjaciołom w walce z najnowszym zagrożeniem?