Podczas gdy Wybrane Dzieci i ich partnerzy Digimon szczęśliwie żyją razem w świecie ludzi, Taichi Yagami i Yamato Ishida wraz ze swoimi przyjaciółmi poświęcają się utrzymaniu tej ciężko wywalczonych pokoju. Choć jednoczy ich ta wrodzona odpowiedzialność, każdy z nich już rozpoczął pierwsze kroki w kierunku przyszłości wykraczającej poza bycie Wybranym Dzieckiem. Jednak tę nową podróż przerywa pojawienie się Menoa Bellucci, amerykańskiej profesor specjalizującej się w badaniach nad Digimonami. Przynosi wieści o tym, że kilku Wybranych Dzieci z całego świata zostało odnalezionych w stanie śpiączki, a ich partnerzy Digimon zniknęli bez śladu. Badania Menoa wskazują, że za tym alarmującym zjawiskiem stoi nowy rodzaj Digimona: Eosmon, który kryje się w głębinach internetu. Aby odnieść sukces w tej misji, drużyna musi pokonać rosnącą odległość między nimi i połączyć się w ostatnim starciu.