W 2020 roku technologia jest wszechobecna. Każde urządzenie cyfrowe na świecie jest połączone jedną siecią, przez którą przepływają dane. Niezależnie od wiedzy ludzi, sieć ta stała się siedliskiem istot zwanych „Digimonami”. Piątoklasista Taichi Yagami szykuje się do obozu letniego, gdy w Tokio zaczynają dziać się dziwne rzeczy; określone systemy elektroniczne zaczęły ulegać awariom. Gdy dowiaduje się, że jego siostra i matka są uwięzione w pociągu, który zjechał z torów, spieszy się na pobliską stację. Nagle Taichi zostaje porwany do innego świata, gdzie spotyka dziwną istotę o imieniu Agumon, która jakoś zna już jego imię. Taichi otrzymuje również dziwny gadżet zwany „Digivice”, który pozwala mu komunikować się z niedigitalizowanym światem. Taichi zdaje sobie sprawę, że znajduje się wewnątrz „Sieci”, a wirusopodobne Digimony atakują sektory, które podtrzymują elektroniczne systemy Tokio. To na Taichim i jego nowym partnerze Agumonie spoczywa zadanie powstrzymania tych cyberataków, zanim cały świat nie zostanie zagrożony przez czyny psotnych Digimonów.