Po odkryciu, że Pikachu manipuluje okablowaniem w jego domu, 10-letni Satoshi wyrusza w podróż, by zostać największym Mistrzem Pokémonów i pokonać swojego rywala, Shigeru. W trakcie podróży spotyka wielu innych trenerów Pokémonów i doradców, w tym Kasumi, trenerkę typu wodnego i liderkę siłowni, Takeshi, trenera typu ziemskiego i skalnego oraz lidera siłowni, oraz innych.