Ten anime jest oparty na oryginalnej argentyńskiej serii komiksowej o tym samym tytule. Fabuła śledzi postać tytułową, genetycznie zmodyfikowanego superżołnierza i jednego z produktów diabelnych eksperymentów doktora Von Reichtera. Fikcyjny Von Reichter jest w rzeczywistości byłym nazistą, który przeprowadzał okrutne eksperymenty podczas II wojny światowej. Ucieka do Ameryki Południowej, gdzie kontynuuje swoje eksperymenty, które kończą się stworzeniem „Cybersów”, jednym z których jest Cybersix. Jednak ponieważ Cybersi wykazują wolę w młodym wieku – cecha niepożądana – Von Reichter niszczy wszystkich Cybersów, aby zapobiec buntowi. W czasach współczesnych Cybersix jest jednym z Cybersów, którzy zdołali uciec i żyje spokojnym życiem pod pseudonimem „Adrian Seidelman”. Jednak odkrywa, że jej przetrwanie zależy od specjalnej substancji stworzonej przez Von Reichtera, co zmusza ją do polowania na „Technosów”, nowszą generację superżołnierzy stworzonych przez niego, aby przetrwać. Nieumyślnie w tym procesie Cybersix staje się superbohaterką chroniącą świat przed stworzeniami doktora Von Reichtera i jego złymi planami.