Długa wojna między Ziemią a ludźmi-maszynami wreszcie dobiegła końca, przynosząc pokój, który bardziej sprzyja ludziom-maszynom niż Ziemi. Warrius Zero stracił swoją rodzinę w konflikcie z ludźmi-maszynami, mimo to pozostaje członkiem floty Ziemi, która obecnie działa we współpracy z nimi. Jego statek, załogowany zarówno przez ludzi, jak i ludzi-maszyny, otrzymał niemal niemożliwe do wykonania zadanie: schwytanie pirata kosmicznego kapitana Harlocka. Gdy Zero zmaga się z wypełnieniem tego zadania, zaczynają pojawiać się dowody sugerujące, że pokój między ludźmi-maszynami a Ziemią może nie być taki, jakim się wydaje...