Akcja gry rozgrywa się w odległej przyszłości, w wymiarze równoległym znanym jako Kosmiczna Arka. Rasa gigantycznych robotów, zwanych Arkami, która przez długi czas pozostawała w stanie uśpienia, nagle budzi się, by odkryć, że ich galaktyką rządzi zło Chaosu. Ponieważ pozostawali w uśpieniu przez eony, trzy pozostałe wielkie Arki – Mądrość, Odwaga i Siła – utraciły swoją energię. W rezultacie pozostaje wystarczająco dużo energii, aby wskrzesić tylko jedną z nich, nadając jej moc do pokonania zła Chaosu. Aby to osiągnąć, powstały trzy różne Związki zwolenników, z których każdy jest oddany jednej z wielkich Ark. Rywalizują one o wskrzeszenie swojej odpowiedniej Arki, a tym samym o pokonanie Chaosu i los świata. Oprócz tej ogólnej fabuły gra zawiera kilka historii tła postaci. Są to na przykład tło Crimrose i Ivis, historia Eihwaz lub spotkanie między Eris a Resha, między innymi.