Akcja rozgrywa się w oficjalnej chronologii Code Geass z anime, choć w innym okresie. Bohater, Renya, to 17-letni chłopak, który jako swoje ulubione bronie używa mechanicznego lewego ramienia i shurikenów. Fabuła rozpoczyna się, gdy Renya spotyka tajemniczą wiedźmę o imieniu „Reifū C.C.”, która wygląda na wiecznie młodą. C.C. przybyła do Japonii w historycznym okresie Edo, aby znaleźć nowego partnera do przymierza. Jednocześnie pojawia się tajemniczy mężczyzna, który zaskakująco przypomina Leloucha z oryginalnego anime, a jego intencje pozostają nieznane.