Czekoladnik Chocolat Aikawa i jej tajemniczy znajomy Cacao Theobroma prowadzą sklep o nazwie Chocolat Noir, słynący z specjalnie przygotowanych czekolad, które rzekomo cudownie spełniają życzenia. Różni zmartwieni ludzie pojawiają się w sklepie, szukając jego towaru, ale czekolady mają wysoką cenę — każdy klient musi zapłacić swoim najcenniejszym posiadaniem. Mimo że Chocolat wydaje się kobietą bez osobistych problemów, dzięki swojej zdolności spełniania życzeń, pod jej enigmatyczną powierzchownością kryje się zrozpaczona młoda dziewczyna, która jeszcze nie rozliczyła się z przeszłością...