Dawno temu miasto B-Da zostało zaatakowane przez złą siłę znaną jako Dark B-Da (lub ciemne istoty), która dążyła do przejęcia kontroli nad całym Niebieskim Układem Słonecznym. Bohaterowie B-Daman, czerpiąc siłę ze swoich legendarnych mocy i sprytnych technologii, udali się obalić Imperium Nol Arc i przywrócić pokój we wszechświecie. Tysiąc lat później Dark B-Da powrócili, by podbić Niebieski Układ Słoneczny i włączyć go do swojego imperium. Młody B-Daman o imieniu Shirobon, kierowany silnym poczuciem sprawiedliwości, staje się obrońcą miasta B-Da. Wspólnie ze swoimi przyjaciółmi dołącza do walki z Dark B-Da, którzy przybyli, by zniszczyć ich dom!