Rock (Okajima Rokuro) był zwykłym japońskim biznesmenem, ale przez szereg nieprawdopodobnych wydarzeń dołączył do „Lagoon Company”, załogi transportowców, którzy z boku zajmują się piractwem. Razem z Dutchem, Revy i Bennym żegluje po azjatyckich morzach na zmodyfikowanym torpedowcu „Black Lagoon”. Ich siedziba, bezprawne miasto Roanapur, precarycznie balansuje na krawędzi otwartej wojny, dominowane i okupowane przez kryminalne syndykaty z całego świata. Na szczycie tej hierarchii stoją Balalaika z Rosji i Chang z Hongkongu. Akcja rozgrywa się w Roanapurze krótko przed tym, jak Rock, w towarzystwie Revy, ma wrócić do swojego dawnego domu w Japonii. To historia o żołnierzach, którzy kiedyś walczyli razem pod wspólną sprawą w ziemi piaszczystych wiatrów, oraz ściśle osobiste spotkanie kapitan z byłym podwładnym...