Projekt upamiętniający 150. rocznicę miasta Jokohama. Na planecie Abel ludzie i roboty współistnieją. Pewnego dnia tajemniczy przemytnik na pokładzie statku transportowego próbuje inwazji na planetę, ale zostaje odkryty przez Apolla (Hayato Ichihara), robota przypominającego człowieka, oraz Mikaru (Aya Ueto), człowieka przypominającego robota. Przemytnik posiadał chip pamięci zawierający najnowszy program kamuflażu, tajemniczy system operacyjny „Cipher”. Apollo bierze chip Cipher po prostu dla zabawy, nieświadomy kłopotów, które sobie przyciąga. Nagle zaczyna zachowywać się dziwnie, podczas gdy Mikaru nie ma pojęcia, co jest nie tak, ani że Cipher jest przyczyną. czym dokładnie jest Cipher? Jakie tajemnice w sobie kryje? Apollo i Mikaru rozwiążą zagadkę obejmującą przeszłość, teraźniejszość i przyszłość, aby to odkryć.