Podczas pierwszego sezonu serialu B: The Beginning dwaj mężczyźni zmierzyli się ze swoją przeszłością za wysoką cenę. Nietypowy detektyw Keith Flick walczył ze swoimi wewnętrznymi demonami i ostatecznie odkrył mroczne sekryty stojące za Królestwem Cremona. Mutant-geniusz Koku w końcu połączył się z najcenniejszą pamięcią z jego skradzionego dzieciństwa. Od tamtej pory minęło kilka miesięcy, a cały świat wydaje się zapomnieć o zamieszaniu wywołanym przez te wydarzenia. Gdy Keith wraca do Królewskiej Policji, aby prowadzić własne śledztwo, Koku i Yuna próbują cieszyć się zwyczajnym życiem w spokoju. Jednak konsekwencje eksperymentów Jaula Blanca są dalekie od wyginięcia, co Koku szybko odkrywa, gdy jego rzekomo zmarły współlokator z laboratorium Kirisame nagle się pojawia.