Podczas szkolnego rejsu grupa przyjaciół zostaje przeniesiona w czasie do roku 1636. Zapisy historyczne wskazują, że powstanie Shimabara wybuchło w 1637 roku. To powstanie, przywódcą którego był charyzmatyczny młodzieniec Amakusa Shirou, składało się z chrześcijańskich rebeliantów i zakończyło się ich klęską, kosztując życie 3000 osób. Bohaterka, Hayumi Natsuki, jest mylona przez napotkanych wieśniaków z Amakusą Shirou, mimo że historyczna postać była mężczyzną. Wygląda na to, że prawdziwy Amakusa Shirou zmarł rok wcześniej, zanim zyskał uznanie lub popularność jako przywódca wśród ludności. Niedługo potem zyskuje sławę jako rodzaj anioła zesłanego z nieba, a ludzie zaczynają nazywać ją „Shirou”, wierząc, że jest zbawcą, o którym przepowiedziano 25 lat wcześniej.