Ghost Hunt opisuje przygody Kazuyi Shibuyi, prezesa Centrum Badań Parapsychologicznych Shibuyi (SPR), oraz Mai Taniyamę, uczennicy pierwszego roku liceum. Fabuła rozpoczyna się od opowiadania historii o duchach przez Mai i jej przyjaciół, co zostaje przerwane dwukrotnie: najpierw przez tajemniczego „ucznia”, a następnie przez koleżankę z klasy, która ostrzega je, że takie opowieści przyciągają duchy. Podczas spaceru Mai zauważa budynek, który jest centralny dla tych historii, i postanawia wejść do środka. Gdy sięga po aparat leżący w środku pokoju, mężczyzna zatrzymuje ją i przypadkowo rani siebie. Mai zostaje zmuszona do pełnienia funkcji tymczasowej asystentki tego mężczyzny, pracownika „ucznia”, zatrudnionego do zbadania „nadprzyrodzonych” wydarzeń w szkole. Mai nadaje temu „ucznioowi” przydomek „Naru” ze względu na jego narcystyczne zachowanie. Naru jest właścicielem firmy badającej zjawiska nadprzyrodzone SPR, a Mai ostatecznie zdobywa tam pracę na część etatu po pomocy w pierwszym przypadku. W miarę jak Mai zbliża się do Naru, zyskuje wgląd w siebie i swoje uczucia do niego. Oprócz asystentki Shibuyi, Lin, SPR wspierają również różni medium i egzorcystów.