Japonia jest w tajemnicy kontrolowana przez tyrańską grupę ninja o nazwie Shinogara. Ich najlepszym zabójcą jest mężczyzna o imieniu Hayate Kanuma, którego ojciec kieruje Shinogarą. Hayate jednak wie, że kontrola tajnego stowarzyszenia nad Japonią jest błędna. Ofiarowując własne bezpieczeństwo, Hayate zabija swojego ojca. Teraz jest na ucieczce, bezpieczny niemal nigdzie przed zemstą byłych towarzyszy, z wyjątkiem może jednego miejsca, które wybiera: swojej siostry. Po prawdopodobnie śmiertelnym ranieniu, Hayate jest w stanie przenieść swoją duszę do ciała swojej siostry, tymczasowo dzieląc je z nią. Jego siostra, Shiori, może obudzić Hayate i wezwać jego ninja umiejętności, gdy Shinogara są blisko, ale za każdym razem, gdy to robi, traci nieco więcej swojej prawdziwej jaźni. Ta sytuacja nie może trwać wiecznie, więc jak Hayate w końcu pokona Shinogarę?